Negredo comenzó a jugar al fútbol en Vallecas y pronto ingresó en las categorías inferiores del Rayo Vallecano. Aunque antes de eso estuvo en la A.F.E . En 2004 fue ascendido al primer equipo y disputó la Segunda División B, categoría que disputaba el club vallecano en aquel momento.
En verano de 2005 fue fichado por el Real Madrid C.F. para incorporarlo a su filial Real Madrid Castilla, de la Segunda división. Su debut con la camiseta del filial madridista fue en la final del Trofeo Teide, que acabó con victoria por 2-1. En su primera temporada no disputó muchos partidos, debido a que Roberto Soldado era el delantero centro titular, pero con las constantes convocatorias del valenciano al primer equipo se comenzó a hacer un hueco en el once titular.
En la temporada 2006-07 Álvaro Negredo fue un fijo en el once del Castilla y tuvo un torneo destacado, pese a que su equipo descendió a la Segunda B, al convertirse en uno de los goleadores de la competición y el máximo artillero del Castilla con 18 tantos. Su desempeño llamó la atención del italiano Fabio Capello, entrenador del primer equipo, que lo convocó para algunos partidos de Copa del Rey.
